什么是开放式阅读框?

什么是开放式阅读框?
什么是开放式阅读框?

什么是开放式阅读框?
开放阅读框　　开放阅读框是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止子打断.
　　当一个新基因被识别,其DNA序列被解读,人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什麽.这是
　　因为在没有其它信息的前提下,DNA序列可以按六种框架阅读和翻译（每条链三种,对应三
　　种不同的起始密码子）.ORF识别包括检测这六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终
　　止子为界限的DNA序列而其内部不包含启动子或密码子,符合这些条件的序列有可能对应一
　　个真正的单一的基因产物.ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的
　　部分或全部的先决条件.
　　An open reading frame (ORF) is a portion of a gene’s sequence that contains a sequence of bases, uninterrupted by stop sequences, that could potentially encode a protein. When a new gene is identified and its DNA sequence deciphered, it is still unclear what its corresponding protein sequence is. This is because, in the absence of any other knowledge, the DNA sequence can be translated or read in six possible reading frames (three for each strand, corresponding to three different start positions for the first codon). ORF identification involves scanning each of the six reading frames and determining which one(s) contains a stretch of DNA sequence bounded by a start and stop codon, yet containing no start or stop codons within it； a sequence meeting these conditions could correspond to the actual single product of the gene. The identification of an ORF provides the first evidence that a new sequence of DNA is part or all of a gene encoding for a particular protein.
　　在构成基因的核苷酸序列中存在着一些最终翻译成蛋白的碱基段,每三个连续
　　碱基(即三联“ 密码子”） 编码相应的氨基酸.其中有一个起始“密码子”--AUG/ATG和
　　三个终止“ 密码子”,终止“ 密码子”提供 终止信号.当细胞机器沿着核酸合成蛋白链
　　并使其不断延伸的过程中遇到终密码子时,蛋白的延伸反应终止,一个成熟（或提前终止
　　的突变）蛋白产生.因此开放阅读框是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的 碱基
　　序列.由于拥有特殊的起始密码子和直到可以从该段碱基序列产生合适大小蛋白才出现的
　　终止密码子,该段碱基序列编码一个蛋白.
　　现在有很多找ORF的软件,包括在线的,如：
　　ORF Finding的功能
　　ORF Finding 被用来预测已存在的编码区的小基因序列.它较早应于序列设计
　　,应用优于长片断、高质量的匹配.进而,它提供了比用标准基因编码查询更有用的信息
　　.ORF Finding 把提交序列分成六个亚区,并对这六个阅读框分别进行默认,赋予每个亚
　　区一个确定其编码内容的度量, 如果可能,将对每一亚区进行进一步分析.每个亚区按照
　　已有的分类结果,被随机提交给查找它们是否编码 蛋白质的特定测试收集器.最后只有那
　　些具有编码潜能的重要区域才被报导.ORF Finding 识别是证明一个新的DNA序列编码特定　　的蛋白质的部分或全部的先决条件,可用于大规模的开放式阅读框寻找